Meridian 的 Lyo-Ready 基因分型直接 qPCR FFPE
- 使用直接扩增协议进行小于 1 个拷贝的超灵敏检测
- 耐受 FFPE 组织中的 PCR 抑制剂
- 紧密的荧光簇，清晰的等位基因鉴别，非常适合困难的 SNP 鉴定
- 混合液可以液体或冻干形式使用，以延长化验保存期
筛查 FFPE 肺组织中与肿瘤相关的 PDGFRA1 基因突变
健康的 FFPE 肺组织（WT）和含有与肿瘤血管生成相关的 PDGFRA1 突变的肺肿瘤组织，在用提供的提取缓冲液提取或用 Qiagen QIAamp DNA FFPE 组织提取试剂盒纯化后，用 A/ Lyo-Ready Genotyping Direct qPCR FFPE (MDX168) 进行检测，并用 B/ KAPA Probe Force qPCR Mix (Roche) 和 C/ TaqPath ProAmp Multiplex Master Mix (ThermoFisher) 进行分析。等位基因 G（红色）和等位基因 A（蓝色）以及杂合等位基因 G/A（绿色）与 NTC（黑色）和表示未确定的 x。结果表明，与使用纯化 gDNA 的其他市售混合母液相比，MDX168 即使在存在粗制 FFPE 组织提取物的情况下，也能显示出更强的等位基因分辨能力和更紧密的聚类。
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说明
SNP（单核苷酸多态性）或点突变是最常见的遗传变异类型，是个体间表型多样性的主要组成部分。单核苷酸多态性既可导致对某种疾病的抵抗力，也可导致对某种疾病的易感性。一旦通过测序确定了单个单核苷酸多态性，它们就可用于药物遗传学，评估和预测病人对治疗的反应和不良事件的风险，或用于诊断，如囊性纤维化筛查。虽然血液是基因分型分析的理想来源，但福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织也被广泛使用，由于可以在室温下长期保存，因此也是回顾性研究的宝贵资源。尽管工作流程极其耗时耗力，但使用从此类样本中纯化的 DNA 进行基因分型分析的成功率仍然很低。
为了最大限度地简化从 FFPE 组织中分离 DNA 的工作流程，Meridian 开发了 Lyo-Ready Genotyping Direct qPCR FFPE，它能在单管中消化组织，无需纯化，大大降低了样本损坏、丢失和污染的风险，同时简化并加快了分析过程。此外，它还可以液态或冻干形式使用，以创建常温稳定的检测方法，是高通量分析的理想选择。
目录和手册
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常见问题：Lyo-Ready 基因分型直接 qPCR FFPE
什么是等位基因歧视？
等位基因鉴别是对特定基因位点的两种或多种序列变化进行鉴别的方法。通常，一种等位基因（”野生型 “DNA 序列）是常见的，而其他等位基因（突变）是罕见的。在 SNP 中有 3 种基因型：- 二倍体同源基因（两个野生型等位基因 (PP)）、二倍体同源基因（两个突变型等位基因 (pp)）和杂合子（一个野生型等位基因和一个突变型等位基因 (Pp)）。
为什么要筛查 SNPs？
SNP（单核苷酸多态性）有助于预测个人对某些药物的抗药性或易感性（药物遗传学）、对毒素等环境因素的易感性以及患病风险。单核苷酸多态性还可用于追踪与疾病相关的基因变异在家族中的遗传情况。
使用 qPCR 进行基因分型有哪些优势？
qPCR（实时 PCR）可让您筛选已知的 SNP。qPCR 的优点是简便、准确，并可扩展到高通量。生物信息分析也没有测序和微阵列等其他技术那么复杂。
5′-nuclease (TaqMan) 等位基因分型法使用一对引物扩增目标区域，并使用两个等位基因特异性探针检测目标 SNP 等位基因，报告样本的基因型。与普通 qPCR 不同的是，基因分型只在 PCR 结束时测量荧光水平，并将结果显示在散点图上，这样就可以并行运行和分析数百个检测项目。
是什么影响了 FFPE 样品中 DNA 的质量和完整性？
FFPE 标本受多种因素影响，包括固定液的 pH 值（可导致 DNA 交联）、组织固定的时间、组织块的年龄和储存条件。这导致工作流程极其耗时、耗力，所有这些都会造成 DNA 断裂，因此，从这类样本中纯化 DNA 的基因分型成功率很低。
冻干混合物和液体混合物的反应条件是否相同？
是的，Lyo-Ready Genotyping Direct qPCR FFPE 可以作为液体混合物使用，也可以冻干后在环境温度下保存，无需改变反应条件，而且冻干/保存不会影响检测灵敏度。
我可以单独购买提取缓冲液吗？
是的，我们销售的是 MDX004 组织提取物-PCR 缓冲液。
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